本书的章名和顺序与规划教材完全相同，由绪论、细菌学、病毒学、真菌学、人体微生物群五部分组成，共计39章。每个章节包括学习目标、重点和难点内容、习题以及参考答案四个部分，在简要阐明学习目标、概述重点难点内容基础上，辅以配套习题加以练习并给出参考答案。在基础知识和基本理论考察的基础上，在上版基础上适度增加了问题解决型习题，通过练习可巩固加深对理论知识的理解和掌握。