越来越多的恐龙通过时空裂口来到了现代，迫使世界联军使用生化武器迎战。不料此举却让恐龙产生了异变，导致战局更为复杂和艰难，可谓是弄巧成拙；另一方面，X探险特工队决定对杰拉培育的恐龙人展开捕捉行动，查尔斯也联络了正在宇宙修行的达尔文博士回来，世纪大灾难就此越演越烈。