本书包括7个部分：一、敕谕五道，系明嘉靖至万历朝五次命其修治河道的上谕；二、图说3个，分别为《祖陵图说》《皇陵图说》《两河两图说》；三、河议辨惑，主要驳斥把黄河决口归因为河神旨意的谬论；四、河防险要，主要讲河防的重点地段；五、修治事宜，讲修河防决的具体措施；六、河决河源考，追述黄河源流与历代河决历史；七、前人治河之议与明代治河奏疏。