本书讲述了小男孩乘上一列不可思议的人体探险列车，开始在自己身体内冒险的故事。他跟随人体探险列车，先是钻进过山车一般的“食道隧道”，驶上长长的“小肠公路”，接着穿过硝烟四起的“大肠干道”，细菌们在这里展开着激烈的战斗。