《巴蜀珍稀民族文献汇刊》以文献记载的主要区域为分类标准，将近百种文献分为总论卷、松理懋茂靖汶专集、大小凉山专集、大小金川专集、播州专集、西康专集以及泸酉秀黔彭专集七类。全书收录近百种书籍，其中不乏珍本、善本古籍，具有非常高的文献价值和学术价值。比如明钞本的《全蜀边域考》，该书是为数不多的保留至今的详细记载明代巴蜀边域情况的古籍，对研究明代卫所制度、土司制度以及明代西南少数民族诸问题均有极大的帮助。又如清钞本的《边州闻见录》，该书非常罕见，文献价值尤为突出。