日本上空出现了宇宙飞碟，有很多人都亲眼目睹，媒体也竞相报道。飞碟中的怪人，在日本频频亮相，制造一个又一个事件，这使人们陷入恐慌。大侦探明智小五郎和他的徒弟小林芳雄，又一次与歹徒斗智斗勇，揭开宇宙飞碟和宇宙怪人的秘密……