二〇〇四年十二月，九州出版社与厦门大学出版社又联合出版了福建师范大学闽台区域研究中心策划编辑、厦门大学人文学院陈支平教授主编的《台湾文献汇刊》，由于时间与篇幅等因素的局限，尚有许多知见的有关珍稀史料未能一并编入。本《续编》编纂之体例，一如《台湾文献汇刊》。全书分为：“诗文别集”、“平台、抚台文献史料”、“台湾舆志风俗”、“文书、契约”、“‘二二八’事件史料”、“台湾近代教育资料”、“谱牒家乘”、“稀见台湾刊物汇编”等八个专辑，凡一百五十一种（不含附作）、精装一百册。再次汇录了大量明清以来有关台湾的诗文集、专题文献史料、舆志风俗、公私文书、民间契约、谱牒家乘、稀见台湾刊物等等，内容十分丰富，史料价值极高，亦再次填补了有关台湾历史文献整理与研究的空白。